2026年10月1日から在留手続の手数料が値上げ｜9月中の申請は旧料金？オンライン申請の決済費用も解説

2026年10月1日から、在留資格変更許可、在留期間更新許可、永住許可などに関する手数料が大きく改定されます。

今回の改定について、特に気になるのは、次のような点ではないでしょうか。

• 9月中に申請し、許可が10月以降になった場合はどちらの料金になるのか
• 申請した日と許可された日のどちらが基準になるのか
• 窓口申請とオンライン申請では、いくら違うのか
• オンライン申請の「決済手数料」とは何か

この記事では、出入国在留管理庁の公表資料をもとに、2026年10月1日からの手数料改定について解説します。

結論｜9月30日までに受付された申請には旧料金が適用されます

今回の改定で最も重要なのは、新旧どちらの料金になるかは、原則として許可日ではなく、入管に申請が受け付けられた日によって決まるという点です。

出入国在留管理庁は、2026年9月30日までに受け付けた申請については、その申請に対する許可が10月1日以降になった場合でも、改定前の手数料を納付すると案内しています。

したがって、次のような取扱いになります。

• 2026年9月30日までに入管に受付された申請
  → 許可が10月以降でも改定前の手数料
• 2026年10月1日以降に入管に受付された申請
  → 改定後の手数料

手数料を実際に支払うのは許可を受ける際ですが、その金額を分ける基準は、原則として申請の受付日です。

「9月中に書類を準備した」「9月中に行政書士へ依頼した」というだけでは、旧料金が適用されるとは限りません。必要書類を整え、9月30日までに入管で申請が受け付けられている必要があります。

在留資格変更・在留期間更新の手数料は、許可された在留期間で決まります

現在、在留資格変更許可及び在留期間更新許可の手数料は、窓口申請が6,000円、オンライン申請が5,500円です。

2026年10月1日以降に受付された申請からは一律料金ではなくなり、実際に許可された在留期間に応じて手数料が決まります。

申請時に希望した在留期間ではなく、審査の結果として許可された在留期間が基準になります。

オンライン申請の方が国に納める手数料自体は低く設定されていますが、別途、決済手数料がかかります。

オンライン申請の「決済手数料」とは？

2026年10月1日以降に受付されたオンライン申請については、許可後の手数料を、原則としてコンビニ決済または銀行決済で納付します。

この決済サービスを利用するために必要となる費用が「決済手数料」です。国に納める在留手続の手数料とは別に、指定された決済事業者へ支払います。

例えば、オンラインで在留期間更新許可申請を行い、1年の在留期間が許可された場合は、次のようになります。

• 入管の手数料：27,000円
• 決済手数料：330円
• 実際の支払総額：27,330円

3年以上5年未満の在留期間が許可された場合は、手数料56,000円と決済手数料550円を合わせた56,550円が支払総額です。

2026年10月1日以降に受付されたオンライン申請では、収入印紙による納付はできません。また、クレジットカード決済やQRコード決済も利用できず、コンビニ決済または銀行決済によって納付します。

なお、窓口で行った申請については、このオンライン決済手数料はかかりません。

9月30日までにオンライン申請した場合はどうなる？

2026年9月30日までにオンラインで受付された申請については、許可が10月1日以降になった場合でも、改定前の手数料が適用されます。

在留資格変更許可及び在留期間更新許可の場合、改定前のオンライン申請手数料は5,500円です。

そのため、10月以降に許可を受ける予定であっても、9月30日までに受付された申請であれば、原則として新しい在留期間別の手数料にはなりません。

大切なのは、単に申請データを作成した日ではなく、オンライン申請システムで申請が完了し、9月30日までに受付されていることです。期限直前はシステムの混雑や入力内容の確認に時間がかかる可能性もありますので、余裕を持って申請することをおすすめします。

永住許可の手数料は1万円から20万円へ

永住許可の手数料は、次のように改定されます。

• 2026年9月30日までに受付された申請：10,000円
• 2026年10月1日以降に受付された申請：200,000円

9月30日までに永住許可申請が受付されていれば、許可が10月1日以降になった場合でも、原則として改定前の1万円が適用されます。

一方、10月1日以降に受付された永住許可申請には、改定後の20万円が適用されます。

今回の改定では、一定の要件を満たす方を対象とした手数料の減額または免除制度も設けられています。ただし、申請者全員に一律に適用される制度ではありませんので、個別に要件を確認する必要があります。

手数料を抑えるためだけに申請を急ぐことには注意が必要です

旧料金の適用を希望する場合でも、書類の内容が不十分な状態で申請を急ぐことはおすすめできません。

在留資格や勤務先、家族構成などによって必要書類は異なり、会社や市区町村などから取り寄せる書類に時間がかかることがあります。書類に不足や不備があれば、審査にも影響する可能性があります。

また、在留期間更新許可申請は、通常、在留期限のおおむね3か月前から行うことができます。手数料改定を理由として、申請可能な時期より前に申請できるわけではありません。

特に永住許可申請については、納税状況、年金や健康保険料の納付状況、在留状況など、多くの確認が必要です。手数料だけを理由に無理に急ぐのではなく、申請条件と提出書類が整っているかを十分に確認することが大切です。

まとめ｜基準になるのは原則として「受付日」です

今回の手数料改定について、最も重要なポイントは次のとおりです。

2026年9月30日までに入管に受付された申請は、許可が10月1日以降になった場合でも、原則として改定前の手数料が適用されます。

一方、2026年10月1日以降に受付された申請には、改定後の手数料が適用されます。

また、在留資格変更許可及び在留期間更新許可については、実際に許可された在留期間によって金額が決まります。

オンライン申請では、国に納める手数料に加えて330円または550円の決済手数料が必要となり、コンビニ決済または銀行決済で納付します。

申請を検討している方は、ご自身の在留期限、申請可能な時期、必要書類を確認し、できるだけ余裕を持って準備を進めてください。

【参考資料】

• 出入国在留管理庁「令和8年10月1日付け在留許可手数料の額の改定等について」
• 出入国在留管理庁「在留許可手数料の額の改定について」
• 出入国在留管理庁「オンライン申請における手数料額及び手数料納付方法について」

※本記事は2026年9月7日現在の出入国在留管理庁の公表内容をもとに作成しています。個別の申請時期、必要書類及び手数料の減額・免除の可否については、管轄の出入国在留管理局または専門家へご確認ください。